Zgodnie z obowiązującym prawem UE, kwalifikowany podpis elektroniczny weryfikowany przy użyciu kwalifikowanego certyfikatu, ma taką samą moc prawną jak podpis składany odręcznie.

Polskie prawo krajowe przewiduje wiele szczegółowych zastosowań dla kwalifikowanego podpisu elektronicznego, między innymi: 

• podpisywanie deklaracji ZUS w programie Płatnik,
• podpisywanie wniosków i innych pism kierowanych do organów administracji publicznej,
• podpisywanie decyzji administracyjnych doręczanych elektronicznie,
• składanie pozwów w e-sądzie,
• składanie ofert w aukcjach i przetargach internetowych,
• potwierdzanie dokumentacji medycznej
• składanie wniosków związanych z prowadzeniem praktyki medycznej,
• potwierdzanie medycznych badań laboratoryjnych dostarczanych elektronicznie
• logowanie do portalu ePUAP,
• składanie deklaracji podatkowych w systeie eZEFIR,
• podpisywanie JPK (Jednolity Plik Kontrolny).